El Barrio San Francisco Caltongo es conocido por la laguna de Caltongo y el Embarcadero Caltongo. Es uno de los más famosos aunque los visitantes solo aprecian las orillas de los canales. La capilla tiene uno de los atrios más grandes, se conoce como la Plazuela del Barrio Caltongo.
Caltongo significa “lugar entre las chozas” en referencia al uso residencial que mantiene desde hace mucho tiempo. Es uno de los pueblos originarios mas grandes y mucho del oriente del barrio esta lleno de chinampas y zonas de agricultura.
Esta capilla es muy querida y apreciada, no sólo por su enorme atrio. Tiene marcas indígenas en la fachada que permitieron al INAH estimar su construcción entre el siglo XVI y XVII. Las marcas no son muy antiguas pero dan a conocer el labrado de los indígenas de esa época.
Dentro hay esculturas de San Buenaventura, la Virgen María y la crucifixión. El Barrio Caltongo está bien documentado ya que albergó a muchos historiadores.
De hecho, el Barrio San Francisco Caltongo es el epicentro de la conservación del pueblo de Xochimilco. Con sus residentes participando activamente en actividades ecológicas y culturales. Es un lugar imperdible.